A história se passa 4 anos após a morte de Shizuka e a morte de Rido, no Colégio Cross.
Dois novos guardiões estão ali ocupando os cargos de Zero e Yuuki. Zero está desaparecido, Yuuki está vivendo com o Kaname em algum lugar desconnhecido de todos.
O dia a dia escolar ia normalmente até uma notícia, da Associação dos Caçadores e do Conselho dos Anciões que Rido tinha usado um outro corpo para ressussitar e agora planejava vingança contra todos do Colégio, vampiros e humanos, contra a humilhação da derrota passada pela última vez.
No meio disso tudo, as eleições para os dois novos guardiões iam começar em breve....